国家重点基础研究发展计划（973）项目:“数学机械化方法及其在信息技术中的应用”，2004年-2009年，首席科学家。
国家重点基础研究发展规划（973）项目:“数学机械化与自动推理平台”，1999年-2003年，首席科学家。
国家杰出青年基金，1998年—2000年。
国家攀登计划“数学机械化及其应用”子项目负责人，1997年。
国家攀登计划“机器证明及其应用”子项目负责人，1992年－1996年。
863计划“智能计算机” 主题子课题“吴方法软件研究”负责人，1991年－1993年。
美国自然科学基金 CCR-9117870, 1992年-1994年,“Mechanical Theorem Proving in Geometry and Mechanics”，主要参加人员。
美国自然科学基金 CCR-9420857, 1995年-1998年，“Automated Generation of Readable Proofs in Geometry”，主要参加人员。
美国自然科学基金 CCR-0201253, 2002年-2004年, “Automated Geometry Reasoning and Methods fir Diagram Generation”,共同主持人（CO-PI）。